Brandhøjbanen har et omfattende signalanlæg inspireret af forbilledet hos DSB.
Banen er udstyret med:
Perronudkørselssignaler (PU-signaler), som styrer afgange fra stationen og rangering fra perronsporerne
Automatiske mellemblokssignaler (AM-signaler), som styrer trafikken ude på strækningen
Indkørselssignal til stationen med hastighedstavle
Skemaet viser disse signaler sammen med planlagte dværgsignaler til yderligere styring af rangering i stationsområdet.
Signalerne og 2 motoriserede sporskifter ved indkørslen til stationen styres pt. fra en kontrolpult på en perron i stationen. En kommandopost med god udsigt over hele stationsområdet og med panel til styring af tog- og rangerbevægelser gennem fastlæggelse af togveje er under opførelse.