Brandhøjbanen har et omfattende signalanlæg inspireret af forbilledet hos DSB.

Banen er udstyret med:

• Perronudkørselssignaler (PU-signaler), som styrer afgange fra stationen og rangering fra perronsporerne,
• Automatiske mellemblokssignaler (AM-signaler), som styrer trafikken ude på strækningen, og
• Indkørselssignal til stationen med hastighedstavle.

Skemaet viser disse signaler sammen med planlagte dværgsignaler til yderligere styring af rangering i stationsområdet.

Signalerne og 2 motoriserede sporskifter ved indkørslen til stationen styres pt. fra en kontrolpult på en perron i stationen. En kommandopost med god udsigt over hele stationsområdet er under opførelse.